Na czele działu stoi Główny Księgowy.

Obowiązki Głównego Księgowego Zakładu regulują:

1. Ustawy o finansach  publicznych (Dz. U. z 1998r. Nr 155 poz. 1014 z późniejszymi zmianami), (Dz. U. Nr 112 z 2001r., Nr 145 poz. 1623),
2. Rozporządzenie Ministra Finansów z  2001r. ( Dz. U. 153 poz. 1752),
3. Ustawa o rachunkowości z 2000r. (Dz. U. Nr 113 poz. 1186

Do zadań Działu księgowości należy:

• sporządzenie rocznego planu finansowego Zakładu,
• organizowanie, sporządzanie i kontrola dokumentów finansowych,
• bieżące  i prawidłowe prowadzenie księgowości
• sporządzanie kalkulacji wynikowej kosztów i sprawozdawczości finansowej,
• nadzór całokształtu prac z zakresu rachunkowości,